Mini-BLAST: computer systems to search for the pattern sequences in the bioinformatics databases

Autores/as

  • Gennadiy Burlak Centro de Investigación en Ingeniería y Ciencias Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Av. Universidad 1001, col. Chamilpa, CP 62210, Cuernavaca, Morelos, México.
  • Christian Eduardo Martínez Guerrero Centro de Investigación en Ingeniería y Ciencias Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Av. Universidad 1001, col. Chamilpa, CP 62210, Cuernavaca, Morelos, México.
  • Enrique Merino Pérez Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México. Av. Universidad 2001, col. Chamilpa, Cuernavaca, Morelos, CP 62210, México.

DOI:

https://doi.org/10.30973/progmat/2013.5.2/1

Palabras clave:

bioinformática, sistemas para la búsqueda de secuencias de ADN, algoritmos paralelos, GUI

Resumen

Bioinformatics focuses on developing and applying computationally intensive techniques to increase the understanding of biological processes. In this report we de- scribe the compact computer system Mini-BLAST, designed to find DNA sequences in bioinformatics databases placed in local or web configurations. Our system allows the identification of gene sequences relating to new patterns (metagenome) that are not yet identified in such databases, containing data on known nucleotides. Such a task is a quite expensive and time consuming operation; therefore, for large genomes parallel algorithms are required. We developed a user-friendly graphical interface that allows the simple input of query data and outputs representative statistical analysis. Additionally, users can select particular databases for cases when a specific alignment is required. Although the package is developed in MS .NET 3.5/4.0 Visual C# system, it works with no limitations in Linux through the Mono framework.

Biografía del autor/a

Gennadiy Burlak, Centro de Investigación en Ingeniería y Ciencias Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Av. Universidad 1001, col. Chamilpa, CP 62210, Cuernavaca, Morelos, México.

Gennadiy Burlak is professor-Investigator C, scientific adviser of magister and PhD students, and SNI level III. In 1975 he received its BCs degree from Taras Shevchenko National University of Kyiv, Faculty of physics, department of Theoretical Physics. In 1975, his Magister degree. In 1979, his Ph. D. in Physics and Mathematics. And in 1988, his PhD of Science, all of them from the same university

Christian Eduardo Martínez Guerrero , Centro de Investigación en Ingeniería y Ciencias Aplicadas, Universidad Autónoma del Estado de Morelos. Av. Universidad 1001, col. Chamilpa, CP 62210, Cuernavaca, Morelos, México.

Christian Eduardo Martínez Guerrero is bioinformartic research assistance. In 2003 he received his BS in Computer Engineering at Instituto Tecnológico de Zacatepec. In 2011 his MS in Engineering and Science at Centro de Investigaciones en Ingeniería y Ciencias Aplicadas UAEM. And in 2012 he became Research Assistance at Laboratorio Nacional de Genómica (LANGEBIO-CINVESTAV)

Enrique Merino Pérez , Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México. Av. Universidad 2001, col. Chamilpa, Cuernavaca, Morelos, CP 62210, México.

Enrique Merino Pérez is researcher and group leader, SNI level III. He works at Molecular Microbiology Department. In 1982 he received his BS Civil Engineering from UNAM. In 1988 his MS in Biomedical Research at Colegio de Ciencias y Humanidades-CEINGEBI-UNAM. And in 1993, his PhD in Biotechnology from Colegio de Ciencias y Humanidades-CEINGEBI-IBT-UNAM.

Citas

Altschul S. F., Gish W., Miller W., Myers E. W., Lipman D. J. (1990). Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology, 215, 403-410. https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2

Smith T. F., Waterman M. S. (1981). Identification of common molecular subsequences. Journal of Molecular Biology, 147: 195-197. https://doi.org/10.1016/0022-2836(81)90087-5

Kofler R., Teixeira Torres T., Lelley T, Schlötterer C. (2009) PanGEA: Identification of allele specific gene expression using the 454 technology. BMC Bioinformatics. 10, 143. Available at: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/143

Altschul S. F., Madden T. L., Schäffer A. A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., Lipman D.J. (1997). Gapped BLAST and PSI-BLAST: A new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Research, 25, 3389-3402. https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389

Descargas

Publicado

23-12-2022

Cómo citar

Burlak, G., Martínez Guerrero , C. E., & Merino Pérez , E. (2022). Mini-BLAST: computer systems to search for the pattern sequences in the bioinformatics databases. Programación matemática Y Software, 5(2), 1–5. https://doi.org/10.30973/progmat/2013.5.2/1

Número

Vol. 5 Núm. 2 (2013): Diciembre de 2013

Sección

Artículos

Licencia

Derechos de autor 2013 Programación Mtatemática y Software

Creative Commons License

Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución 4.0.

Usted es libre de:

Compartir — compartir y redistribuir el material publicado en cualquier medio o formato.
Adaptar — combinar, transformar y construir sobre el material para cualquier propósito, incluso comercialmente.

Bajo las siguientes condiciones:

Atribución — Debe otorgar el crédito correspondiente, proporcionar un enlace a la licencia e indicar si se realizaron cambios. Puede hacerlo de cualquier manera razonable, pero de ninguna manera que sugiera que el licenciador lo respalda a usted o a su uso.
  Sin restricciones adicionales: no puede aplicar términos legales o medidas tecnológicas que restrinjan legalmente a otros a hacer cualquier cosa que permita la licencia.

Artículos más leídos del mismo autor/a

1 2 3 > >>